A idéia de uma nova Catedral em Ilhéus começou a ser ventilada já durante o governo do primeiro bispo, Dom Manuel Antonio de Paiva, mas coube ao seu sucessor, Dom Eduardo, levar avante o projeto, logo após a sua tomada de posse. A benção da nova obra a ser construída foi realizada no mês de março de 1931.
“Dias depois de haver o bispo benzido o terreno onde ia ser levantada a catedral, o Dr. João Amado iniciou uma série de artigos no Diário da Tarde criticando a ubiquação e o estilo do templo. Sincronicamente, a redação da gazeta pedia aos técnicos fossem ouvidos sobre a matéria. Esta questão prolongou-se. Amado queria o novo domo na Cidade Nova, e outros opinavam pela sua localização mesmo sobre as ruínas da demolição da igreja de São Sebastião, na praça Luís Viana. Naquela referida data teve inicio a obra do grandioso edifício, suspensas seis dias depois, para ser reiniciada em 27 de janeiro do ano seguinte”(1932). [1]
Em 22 de julho de 1931 o Diário da Tarde publicou um manifesto com a assinatura de 160 pessoas da elite local, apoiando a idéia de Dom Manuel de construir-se a nova catedral no mesmo local onde surgira a primeira. Ao final do ano as discussões voltaram à tona, diante do projeto apresentado pelo arquiteto construtor Salomão da Silveira, e aceito pelo bispo. Até mesmo a prefeitura tomou parte nos debates. Como justificativa Eusínio Lavigne afirmou que desejava ver a cidade dotada de um templo digno da religião católica, e à altura do respeito devido aos cânones da arte e do progresso. Em 27 de janeiro de 1932 as obras foram retomadas. Em 22 de junho desse ano o secretário do interior interveio também em favor do projeto aprovado pelo bispo, em razão de ter sido aprovado pela Sociedade de Engenheiros Civis da Bahia.
Em 21 de setembro de 1967, quando era bispo da diocese Dom Caetano Antônio Lima dos Santos, foi consagrada a Catedral de São Sebastião por Dom Sebastião Baggio, Núncio Apostólico no Brasil.[2]